Visos į muziejų patekusios muziejinės vertybės įtrauktos į muziejinę apskaitą - pirmiausia į gaunamų eksponatų knygą (GEK), o vėliau į eksponatų inventorines knygas. Muziejuje yra pagrindinis ir pagalbinis eksponatų fondas.
Pagalbinį fondą sudaro šie eksponatų rinkiniai:
1. Foto nuotraukų ir negatyvų (PFFFn) - 20458.
2. Raštijos (PFR) - 3639.
3. Dailės (PFD) - 245.
4. Numizmatikos (PFN) - 98.
5. Archeologijos (PFA) - 6030.
6. Istorijos - etnografijos ir gamybos technikos (PFIEGT) - 100.
7. Fonotekos - 19.
Eksponatai eksponuojami nuolatinėse ekspozicijose ir parodose, likusieji saugomi Utenos kraštotyros muziejaus saugykloje Utenio a. 15.